En 1666, sous Louis XIV qui a de grandes ambitions maritimes, Colbert ordonne la construction d’un grand arsenal maritime à Rochefort, sur la façade atlantique, pour approvisionner et ravitailler la Royale. Il y fait édifier « l’établissement le plus grand et le plus beau qu’il y ait dans le monde » : la fameuse Corderie royale.

Pour défendre la rade contre les flottes britanniques et hollandaises, Colbert ordonne à Vauban de fortifier les îles et le littoral de la côte charentaise Des citadelles et des forts bastionnés sont notamment érigés sur les îles de Ré, d’Aix et d’Oléron, ainsi que le long de l’embouchure de la Charente. Dès le début du XVIIIe siècle, ce système défensif forme une véritable « muraille maritime » face à l’océan. Il sera renforcé au début du XIXe siècle par la construction des forts Boyard, Enet et Liédot qui complètent le dispositif au large. L’île d’Aix, enfin dotée de forts, en fait partie intégrante, aux côtés du fort de Fouras, de l’île Madame, de la citadelle de Saint-Martin-de-Ré et du Château-d’Oléron.

Vauban commence à fortifier l’île d’Aix en 1674, de façon à en faire la «  forteresse avancée » de Rochefort. Les travaux débutent en 1694 avec l’édification du fort de la Rade à la pointe sud de l’île.

Malgré ses fortifications, Aix est prise le 21 septembre 1757 par l’amiral anglais Hawke qui y débarque par surprise avec 3’ 000 hommes. Le donjon de Vauban, terminé en 1702, est alors en partie démoli. En 1778-79, le marquis de Montalembert est requis par le roi pour renforcer le plus rapidement possible les défenses de l’île contre les Anglais. Il fait édifier, sur un plan en fer à cheval, un fort en bois. Les travaux sur place sont supervisés par le lieutenant du génie Choderlos de Laclos, futur auteur de l’œuvre littéraire Les liaisons dangereuses. Mal adapté aux intempéries et aux tempêtes, sa démolition sera décidée en 1783, parallèlement au départ de la garnison.

Il faut attendre Napoléon I^er pour que l’île  soit enfin dotée de défenses côtières durables, avec la reconstruction du fort de la Rade à la pointe sud, du fort Liédot au nord, et de nombreuses batteries disséminées le long des rivages nord et ouest.

Le 5 août 1808, Napoléon effectue sur l’île une visite d’inspection. Mécontent de la lenteur des travaux ordonnés six ans plus tôt, il donne une impulsion décisive au programme de f

Le 11 avril 1809, un convoi français prêt à appareiller pour les Antilles, attend en baie de Rochefort quatre navires en retard. Les marins sont alors surpris par une importante flotte anglaise qui les force à se réfugier dans la rade de l’île d’Aix. Vers 20 heures, les Anglais lancent à la dérive plusieurs brûlots flottants, sorte de radeaux enflammés chargés de poudre, que le courant pousse comme prévu vers les coques françaises. Paniqués, les Français coupent leurs amarres, mais le vent violent rejette les vaisseaux contre la côte où quatre d’entre eux s’échouent. Les Anglais en profitent pour bombarder et détruire la flotte immobilisée. La suprématie maritime britannique et la dramatique destruction de l’escadre par les brûlots provoquent dès 1814 l’engagement d’importants travaux de renforcement au fort de la Rade, mais marquent l’arrêt jusqu’en 1837 de la construction du Fort Boyard au large.

Le chantier du Fort de la Rade débute en 1810 et se prolonge jusqu’en 1837. Le fort est défendu par des fossés inondés sur tout son pourtour, y compris face à la mer, de façon à rendre plus difficile un débarquement. Doté de nombreuses batteries pointées sur le large, il possède une entrée très originale, défendue par un saillant qui est lui-même protégé par une demi-lune. On distingue encore par endroits des traces des fortifications élevées par Vauban et détruites par l’amiral Hawke en 1757, (notamment une citerne voûtée).

En 1920,  la garnison de l’île d’Aix est supprimée et les forts déclassés, l’arsenal de Rochefort fermera définitivement en 1927. Le fort de la Rade est réoccupé par les troupes allemandes durant le second conflit mondial. Livré à l’abandon après guerre, il est utilisé dès 1955 comme laboratoire par le Ministère de l’Agriculture. En 1986, à l’initiative de la municipalité d’Aix, il est remis en état et transformé en un village de vacances.  Isolés par ses douves comme une île dans l’île, il accueille désormais de nombreux estivants, mais on peut le visiter et parcourir ses défenses à condition de rester discret et de ne pas gêner les vacanciers. L’enceinte abrite deux phares jumelés qui balisent les dangers du haut- fond de Boyard.